Beliau dilahirkan di Kampung Kenali, Kubang Kerian, Kota Bharu, Kelantan kira-kira pada tahun 1287H (1870M*) dengan nama Muhammad Yusof (pernah disebut sebagai Awang sahaja) iaitu di penghujung pemerintahan Sultan Muhammad II (1837-1886M). Bapanya seorang petani bernama Ahmad, manakala Fatimah, ibunya adalah seorang insan yang sopan dan bercita-cita tinggi dan murni.
Muhammad Yusoff dilahirkan dalam keluarga yang sederhana, dan ini adalah membentukkan sifat peribadinya yang tidak menonjol. Bapanya seorang petani manakala ibunya bagaimana kebiasaan orang-orang di kampungnya adalah bekerja menolong pekerjaan suaminya. Sebelum melanjutkan pelajaran ke luar negeri, Muhammad Yusof telah mula belajar pada datuknya sendiri Encik Salleh (Tok Leh) iaitu dalam pelajaran membaca kitab suci Al-Quran dan pelajaran tulis-menulis. Sesudah itu dia menyambungkan pelajaran ke masjid Besar Al- Muhammadi, Kota Bharu dan tempat-tempat pengajian lain di sekitar kota Bharu dalam pelajaran Bahasa Arab, nahu, saraf juga pengetahuan agama.
Kecenderungan Tuk Kenali dalam pelajaran adalah nyata sejak kecil lagi. Perasaan ingin maju dan ingin tahu adalah meluap-luap di dadanya. Dalam tempoh yang pendek dia telah dapat mengkhatami pembacaan kitab suci Al-quran dan dapat menulis dengan baik. Kerana itu tidaklah hairan mengapa dia telah dipilih oleh penggawa daerahnya untuk menjadi seorang kerani sebagai pembantunya dalam mengira dan menguruskan hasil-hasil tanaman dan kebun di kawasan tersebut sewaktu dia berusia antara tujuh ke lapan tahun.
Sewaktu berusia antara sembilan ke sepuluh tahun, Muhammad Yusof telah mengambil langkah bagi menyambung pelajarannya ke Kota Bharu. Tempat pertama yang ditujunya ialah ke masjid Al-Muhammadi, di mana terdapat beberapa orang guru agama dan beratus-beratus orang murid dari seluruh ceruk Negeri Kelantan menyambung pelajaran mereka ke sini. Sekitar masjid besar ini, dewasa ini penuh dengan pondok-pondok (asrama) penuntut.
Dalam masa menuntut di sini beliau berguru kepada Tuan Haji Wan Ismail (ayahnda Datuk Perdana Menteri Paduka Raja, Kelantan, Dato' Nik Mahmud) Beliau belajar bersama-sama Encik Idris yang kemudiannya menjadi “Mufti Kerajaan Kelantan”’ Selain iatu beliau berguru kepada Tuan Guru Hj. Ibrahim, penambang (Mufti kerajaan Kelantan) Syaikh Muhammad Ali bin Ab. Rahman (Wan Ali) Kutan dan kepada Tuan Guru Padang (Hj. Ahmad) Kota Bharu.
Sebagai seorang pelajar, Tok Kenali telah menaruh cita-cita yang kuat untuk melanjutkan pelajaran ke Mekah. Pada tahun 1887M (1305H). Menjelang umurnya kira-kira 18 tahun, Tok Kenali menjejak Tanah Suci Mekah untuk meninggikan pelajaran agamanya di samping menunaikan rukun islam yang kelima, ibadat Haji iaitu sesudah enam bulan mengalami kesusahan di Lautan Hindi disebabkan kerosakan kapal yang ditumpanginya.
Pemergian Tok Kenali ke Tanah Suci Melah adalah semata-mata atas bantuan daripada sahabat dan kenalan beliau di Kota Bharu yang berjumlah kira-kira RM50.00 dan sumbangan daripada ibunya cuma berjumlah RM22.00. Kesukaran yang di hadapi Tok Kenali di rantau orang tidak dapat digambarkan lagi. Hampir tujuh bulan beliau di sana tanpa tempat kediaman yang tetap. Semasa itu beliau menginap di serambi Masjidil Haram, Mekah, dan hanya dapat tidur serta berehat-rehat bila menjelang sesuku malam disebabkan Masjidil Haram merupakan pusat ibadat tawaf, sa’i, sembayang dan sebagainya.
Pakaiannya sederhana, begitu juga tentang pemilihan makanannya untuk menampung kekosongan di waktu pagi dan petang. Memandangkan kedudukan ini, beliau pernah ditugaskan menjadi tukang masak sementara dalam sesuatu perkelahan atau antara kawan-kawannya di wadi-wadi (lembahan) dan di pinggir-pinggir bukit-bukit nan tandus.
Sebelum beliau keluar negeri dahulu, beliau telahpun mempunyai pengetahuan-pengetahuan asas dalam pelajaran-pelajaran yang telah dipelajari ketika itu . Beliau telah pun menguasai pengetahuan bahasa arab (Nahu dan Sarafnya) bagi mengikuti setiap segi jurusan pengetahuan agama di masa itu. Perkara-perkara ini adalah melayakkan Tuk Kenali untuk menerima dan mengikuti pelajaran-pelajarannya yang sedang berkembang dewasa ini di Tanah Suci Makkah. Tuk Kenali terpaksa belajar mendengar sahaja tanpa kitab. Di samping itu juga beliau terpaksa membaca di kedai-kedai kitab dengan meminta izin tuan-tuan kedai itu untuk membaca dan menatap kitab-kitab jualannya dalam tempoh yang agak lama dengan cara yang cermat sekali. Kitab-kitab Wakaf yang ada dalam simpanan di Masjid Al-Haram juga dipergunakan untuk memahami kuliah-kuliah gurunya . Selain itu, Tuk Kenali terpaksa pula meminjam kitab-kitab gurunya sendiri. Kerana kemiskinanlah agaknya , membawa Tuk Kenali mengharungi lautan ilmu dan kemajuan melebihi kawan-kawannya yang lain.
Jelaslah bahawa Tuk Kenali banyak sekali membaca dan menatap kkitab-kitab buah tangan ulamak dan para failasuf islam yang telah dan sedang tersebar di dunia islam dewasa itu. Beliau juga mempunyai sifat suka bertanya dan mengkaji pelajarannya sebelum pelajaran itu di ajar oleh gurunya dengan mengadakan perbandingan-perbandingan sendiri dan pergalaman sendiri. Banyak membaca dan banyak membuat kajian adalah merupakan faktor-faktor besar dalam perkembangan ilmu seseorang pelajar atau siswa.
Antara guru-guru di Masjid yang namanya banyak disebut-sebut oleh Tuk Kenali ialah Tuan Guru Wan Ahmad atau nama penuhnya Wan Ahmad bin Muhammad Zain yang terkenal sebagai seorang pengarang sesudah nama Syaikh Daud Patani. Kepada Guru inilah Tuk Kenali mendapat bimbingan dan bantuan baik dari segi ilmu pengetahuan mahupun penghidupan. Disamping itu, terdapat beberapa orang guru dari patani dan indonesia yang mungkin mendapat perhatian Tuk kenali disamping guru-gurunya yang terdiri daripada orang-orang Arab.
Dalam tahun 1904M, Tok Kenali telah melawat Mesir bersama Tuan Guru Wan Ahmad, Encik Nik Mahmud (yang kemudiannya bergelar Datuk Perdana Menteri Paduka Raja Kelantan) dan Hj. Ismail Patani. Garis-garis kasar lawatan ini adalah menunjukkan bahawa lawatan beliau ke Mesir adalah berbentuk lawatan sambil belajar terutama kerana mengkaji hal-hal perkembangan pelajaran yang berhubung dengan Agama Islam di Universiti Al-Azhar dan lain-lain tempat pengajian di sekitar kota Kahirah.
Pada tahun 1909M (1327 H) iaitu sesudah menjalani pengajian selama 22 tahun di tanah suci mekah, maka Tuk kenali pun pulang ke tanah air iaitu ke Kelantan seterusnya pada tahun 1911M (1329M) beliau mula membuka pondok Kenali, sebuah tempat pengajian yang kemudiannya menjadi pusat pengajian agama di semenanjung ini. Dua tahun kemudian , beliau menjadi guru di masjid Besar Al-Muhammadi, kota Bharu yang waktu itu menjadi pusat pengetahuan agama terbesar di kelantan, malahan juga dikenali di Semenanjung sebagai Serambi Mekkah. Murid-murid dari seluruh kelantan telah membanjiri pondok-pondok yang terletak berderet-deret di sepanjang jalan di kawasan masjid dan di kawasan Kubang Pasu. Selain itu, bukan sedikit murid-murid dan pelajar-pelajar dari luar negeri datang yang menceduk pengetahuan agama daripada guru-guru yang terkenal . Selain daripada Tuk kenali, mereka belajar pada Tuan Guru Hj. Nik Abdullah, Tuan Guru Hj.Idris (yang kemudiannya berjawatan “Mufti kelantan) dan lain-lain.
Memandang hak-hak kemasyarakatan di kampung sendiri perlu pula dititik beratkan, maka Tuk kenali terpaksa pula menetap di kampungnya sendiri iaitu sesudah lima tahun mengajar di Masjid Besar Al-Muhammadi. Dewasa itu pondok kenali kembali bersemarak sehingga namanya termasyur ke serata ceruk rantau Semenanjung ini, malah sampai ke Indonesia (terutama Sumatera) kemboja, Patani dan lain-lain. Jumlah pelajar-pelajar yang menetap di asrama (Pondok) meningkat 400 orang suatu jumlah yang besar dalam pertumbuhan pengajian Islam dikala itu.
Dalam menjalankan tugasnya, Tuk kenali menetapkan beberapa buah kitab pelajaran (teks) dalam berbagai-bagai jurusan, iaitu pengajian Bahasa dan pengetahuan-pengetahuan Agama islam dalam berbagai-bagai peringkat pelajaran. Beliau sendiri banyak mengambil peranan dalam mengembangkan pengetahuan Bahasa Arab, manakala pelajaran-pelajaran lain diperkembangkannya selaras dengan kehendak-kehendak masyarakat dewasa itu. Murid-murid beliau yang telah matang dalam pengajiannya dilantiknya menjadi kepala telaah (guru Kumpulan) disamping itu, kitab-kitab agama dalam tulisan jawi diajarkan juga kepada pelajar-pelajar dan orang-orang kampung. Menerusi pengajian-penjagian kepada orang-orang dewasa inilah lahirnya cerita-cerita tauladan yang kadang-kadang mengggelikan, sebagai suatu cara untuk menarik perhatian murid-murid kepada pelajaran yang sedang ditumpukan. Suatu hal yang agak luar biasa bahawa dalam masa mengajar itu, Tuk kenali mengajar tanpa kitab, di hadapannya tiada kitab-kitab pelajaran sedangkan muridnya mempelajarinya dengan menggunakan kitab.
Kemasyuhuran Tuk kenali telah menarik ramai pelajar Islam dari serata ceruk semenanjung. Antara mereka ini ada yang telahpun mempunyai kematangan dalam pengetahuan Agama islam datang untuk mengenal wajah dan mengikuti sebahagian pelajaran yang diajar oleh Tuk Kenali. Antara mereka ada yang datang kira-kira seminggu, sebulan, tiga atau empat tahun seterusnya. Ini bergantung kepada keadaan masing-masing, sebab di antara mereka ada yang sudahpun bekerja sebagai guru agama. Qadi atau sebagainya. Untuk meminta Tuk Kenali membaca kitab, cukuplah dengan meminta izin beliau di mana si peminatnya sendiri yang akan disuruh membacanya di hadapan kumpulan pelajar-pelajar. Sesudah itu Tuk kenali memainkan peranan memberi kefahaman dan mensyarahkan isi kitab itu, juga memberi peluang-peluang bertanya.
Setelah kira-kira 65 tahun menyedut udara dunia ini, maka Tuk kenali pun dipanggil tuhan, kekasihnya iaitu pada Ahad 19 November 1933M, berikutan suatu penyakit di kakinya. Majalah “Pengasuh” keluaran 11 disember 1933M. Mencalitkan berita tentang kematian Tuk kenali antara lain berbunyi;
“ kembali ke Darul-Baqa 1352 yang meredupkan alam Kelantan dengan dukacita. Innalillaahi wa
innaa ilaihi raaji’uun:.
“Hari wafatnya; dilawati oleh tidak kurang daripada 2,500 orang dan disembahyang jenazahnya lebih daripada 1,000 orang dan disembahyang jenazahnya lebih seribu orang yang khalis liwajhillaahi Ta’ala. Tuk Kenali dikebumikan di perkuburan yang sekarang terkenal dengan nama Kubur Tuk Kenali’ kilometer 5 jalan Pasir Puteh, Kota Bharu, tidak jauh dari istana negeri. Kuburnya selalu dizarahi oleh Duli yang maha Mulia Al-marhum Sultan Ibrahim (nenekanda kepada Duli Yang mulia Sultan Ismail Putera Sekarang) apa lagi oleh ramai terutamanya bekas murid-murid beliau yang ada berselerak di negeri ini, juga oleh pelawat-pelawat. Dari desa pergi ke kota mencari sahabat nan berbudi kematiannya tanpa mewarisi harta tapi meninggalkan ilmu dana bakti.
Peribadi dan Sifat-sifat Utama
Tuk kenali bukan hanya terkenal sebagai salah seorang ulamak besar sahaja, malah terkenal pula sebagai tokoh yang mempunyai sifat-sifat utama yang berguna untuk menjadi teladan kepada masyarakat islam. Antara sifat-sifat utama yang berguna untuk menjadi teladan kepada masyarakat islam. Antara si fat-sifat tersebut ialah:
a) Sangat menghormati dan memuliai ibu
b) Pemurah, suka menderma terutamanya kepada fakir miskin dan anak-anak.
c) Seorang yang sabar, tidak lekas marah.
d) Suka berjalan kaki sahaja sebagai suatu langkah latihan melenyapkan perasaan sombong, bongkak dan megah.
e) mengamalkan hidup berdikari. Beliau membeli sendiri di pasar.
f) suka membaca dan menatap, baik buku-buku atau majalah-majalah di mana-mana sahaja beliau berada.
g) Suka beriktikaf di masjid, manakala tidur kerap berbantalkan lengan.
h) pakaian beliau amat sederhana.
Sebenarnya Tuk kenali ialah seorang “wali” atau seorang sufi disebabkan berlaku perkara luar biasa pada dirinya dan tidak inginkan kemegahan dan kesenangan hidup yang berlebihan. Tambahan pula memandang makhluk-makhluk lain dengan pandangan yang penuh bertimbang rasa dan kasihan belas.